Город Квайса находится на левом берегу реки Стырдон на северных склонах Рачинского хребта в Кударском ущелье. С городом Цхинвал Квайса связана автодорогой протяжённостью в 67 км.
Населённый пункт возник около 1940 года как горняцкий посёлок. 26 февраля 1941 года ЦК ВКП (б) и Совет Народных Комиссаров СССР приняли решение о строительстве Квайсинского свинцово-цинкового комбината, которое из-за Великой Отечественной войны затянулось и было завершено только через восемь лет. 22 октября 1949 года здесь был получен первый концентрат.
Статус города Квайса получил 16 сентября 2007 года. Первым мэром города Квайса был Чермен Гагиев, ранее занимавший должность главы администрации посёлка.
